La loi N°66/4 du du 04 juillet 1966 avait crée un Ordre mixte dénommé Ordre des Médecins, Vétérinaires, Pharmaciens et Chirurgiens-dentistes du Togo, regroupant ces différents professionnels. Cette même loi prévoyait le démembrement de cet Ordre mixte en fonction du nombre augmentant de prestataires.
C'est ainsi qu'en 1992, suite à l'Assemblée Générale de l'Ordre mixte, le besoin de créer des différents ordres professionnels distincts s'est fait sentir et a été réalisé douze années plus tard.
La loi N°2004-019 du 30 septembre 2004 a créé l'Ordre National des Médecins du Togo (ONMT). Suite à sa première Assemblée Générale tenue le 28 janvier 2005, un Conseil a été élu et fut investi le 29 janvier 2005, conjointement comme les quatre différents ordres frères par le Ministre chargé de la santé et le Ministre de l'Agriculture et de la production animale.
Au total 4 mandatures se sont succédé pour assurer la gouvernance de l'ONMT et depuis juin 2021, la 5ème mandature est en cours.