Deuxième organe de l'Ordre National des Médecins du Togo, il est l'organe d'exécution. Il est constitué de quinze (15) membres titulaires et cinq (05) suppléants, lesquels ne participent pas aux réunions (Articles 15-21 de la loi N° 2004-019).Sont éligibles, les médecins de nationalité togolaise, âgés de trente (30) ans révolus et inscrits au tableau depuis cinq (05) ans au moins. Les membres du Conseil National sont élus en assemblée générale par les médecins régulièrement inscrits et à jour de leurs cotisations.L'élection est faite au bulletin secret à la majorité simple des membres présents et ceux ayant voté par procuration.Les membres du Conseil sont élus pour un mandat de quatre (04) ans. Ils sont rééligibles.